過去の記事をたどってきてくださる方もいらっしゃったので、再掲してみました。あれから4年以上経っているので1 、今の考えも述べてみます。
現在、 Website Options は外しています。理由は、それを利用するような人は自分がやりやすい方法を知っているだろうと思うようになったからです。キーボードショートカットなりマウスショートカットなりで。分からない人は与えられた環境を受容しているでしょうし、分かる人は自分のやり方で使いやすいようにしているのでは? と。
ならば、ここのサイトできることは邪魔にならないこと2 かなと思いました。外部リンクにはそれと分かるようにアイコンを付けて、それでおしまいです。「自分」は何を持って使いやすいとするのだろう、と考えると今のところこれが答えのような気がします。
補足 外部リンクにアイコン
このあたりを参考に。CSS3 の属性セレクタは便利です。 IE6はすみません、切り捨てました。
個人的な感想

target="_blank" が指定されているのは特に気になりません。便利なときもありますし。
困るのは、 JavaScript で新しいウィンドウでしか開けなくしているリンク。外部リンクと言うよりむしろ内部リンクで見かけます。いつもの癖で中ボタンをクリック3 すると javascript:hogehoge なんて白紙のタブが出てきてもやもやした心持ちになります。予防策はステータスバーをよく見ておくことでしょうか。
ずっとそのページを見ているわけではないのでバックグラウンドで開きたいときだって多々あるのですよ。そもそも、 JavaScript がオフだったら見られないではないですか……。
利用者の阻害をしない、を超えた先にのみ使いやすさを考える余地があると思いました。
